Flore intestinale – la restaurer et la renforcer

D’innombrables micro-organismes, principalement des bactéries, colonisent l’intestin humain. Leur ensemble forme la flore intestinale, aussi appelée microbiote. La flore intestinale est un écosystème extrêmement complexe, composé d’au moins 500 espèces de bactéries différentes. Chez un individu en bonne santé, l’organisme et la flore intestinale vivent dans une symbiose équilibrée, appelée eubiose. L’organisme humain offre des conditions de vie optimales aux bactéries intestinales. En retour, celles-ci jouent un rôle essentiel dans le maintien de la santé.

Au fil de la vie, un nombre croissant de micro-organismes colonise l’intestin. La flore intestinale évolue donc en permanence. Si, avant la naissance, l’intestin humain est encore stérile, c’est-à-dire dépourvu de micro-organismes, les bactéries commencent à le coloniser à la naissance et pendant les premières semaines de vie. Cette colonisation varie beaucoup selon que l’enfant naît par voie basse ou par césarienne, et qu’il est allaité ou non. Le côlon abrite une quantité particulièrement importante de micro-organismes. Ce n’est qu’au cours de la petite enfance qu’un équilibre bactérien propre à chaque flore intestinale commence à se former. Cette composition individuelle reste ensuite relativement stable tout au long de la vie.

La grande majorité des micro-organismes de la flore intestinale sont des bactéries dites anaérobies. Elles représentent environ 99 % des germes intestinaux et n’ont pas besoin d’oxygène pour leur métabolisme. Elles jouent un rôle majeur dans le métabolisme. Le milieu anaérobie qu’elles entretiennent empêche également les agents pathogènes de s’installer et de se propager dans l’intestin.

La flore intestinale joue aussi un rôle important dans le maintien de l’ensemble du système immunitaire. Une grande partie des anticorps se forme dans la muqueuse intestinale, également appelée muqueuse digestive. On parle alors de système immunitaire associé à l’intestin. Ce système peut être altéré si la composition microbienne de la flore intestinale est perturbée.

Des études récentes démontrent en outre que certains composants alimentaires peuvent favoriser la production d’immunoglobuline A (IgA) dans l’intestin, indépendamment de la composition bactérienne présente. L’IgA est un anticorps essentiel aux défenses immunitaires de la muqueuse intestinale. Ce phénomène prouve que l’alimentation influence directement la composition bactérienne, mais aussi la fonction immunitaire.

La composition de la flore intestinale repose sur un équilibre fragile entre des bactéries protectrices et des bactéries potentiellement pathogènes. Plusieurs facteurs peuvent rompre cet équilibre. Dans ce cas, on parle de dysbiose ou de dysbactériose.
Parmi les causes les plus fréquentes de l’altération de la flore intestinale figurent :

• La prise de médicaments, par exemple des antibiotiques, de la cortisone, des antalgiques, des laxatifs ou des inhibiteurs de la pompe à protons
• Une alimentation riche en sucre et en graisses, notamment en protéines animales
• Une alimentation pauvre en fibres
• Un stress persistant

Une alimentation entraînant une acidification excessive du tube digestif peut également agresser la flore intestinale. À l’inverse, un milieu intestinal au pH alcalin peut endommager la muqueuse intestinale. Une flore intestinale saine présente un pH compris entre 6 et 7.

Aussi, on soupçonne les métaux lourds, les additifs chimiques et les résidus de pesticides présents dans les aliments de perturber durablement l’équilibre de la flore intestinale.

Des travaux récents indiquent que certains additifs alimentaires, notamment les émulsifiants et les édulcorants artificiels comme la saccharine, le sucralose et l’aspartame, peuvent aussi influer négativement sur la composition du microbiote et modifier la perméabilité de la muqueuse intestinale.

Si l’équilibre de la flore intestinale est perturbé, certains germes peuvent proliférer librement et endommager la muqueuse intestinale. Le système immunitaire peut alors s’affaiblir considérablement. Les symptômes les plus fréquents d’une flore intestinale altérée sont les suivants :

• Diarrhée
• Constipation
• Flatulences ou ballonnements
• Douleurs abdominales
• Nausées et vomissements
• Brûlures d’estomac
• Intolérance au lactose
• Surpoids
• Fatigue persistante
• Maux de tête
• Douleurs articulaires et musculaires
• Sensibilité accrue aux infections
• Agitation, irritabilité et insomnie

De nombreuses maladies auto-immunes, en particulier les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin comme la maladie de Crohn ou la rectocolite hémorragique, sont directement associées à un déséquilibre de la flore intestinale. Les allergies, les intolérances et l’obésité présentent également un lien étroit avec la modification de la flore intestinale. En revanche, le rôle d’une flore intestinale altérée dans d’autres maladies chroniques telles que le diabète, la dépression, la migraine ou certains cancers, reste controversé et n’est pas encore clairement établi.

Les personnes souhaitant restaurer la santé de leur flore intestinale peuvent recourir à différentes méthodes de régénération du microbiote. Une détoxification douce précède le plus souvent ces mesures, avant la phase de restauration proprement dite. Outre les méthodes de régénération, il est aussi possible d’agir de façon préventive afin de préserver et de réguler la flore intestinale.

La bonne utilisation des antibiotiques
Les antibiotiques sont indispensables au traitement de nombreuses maladies infectieuses d’origine bactérienne. Leur utilisation fréquente peut cependant favoriser des résistances et réduire leur efficacité. Les antibiotiques peuvent également modifier la composition de notre flore intestinale en attaquant des bactéries importantes et en perturbant ainsi leur équilibre.
Il est donc important de n’utiliser les antibiotiques que rarement, et toujours avec discernement. Dans le cas où un traitement antibiotique est indispensable, il convient de contrôler avec son médecin ou pharmacien si un soutien complémentaire de l’intestin est pertinent.

Détox intestinale et flore intestinale saine
L’expression « détox intestinale » regroupe des mesures destinées à favoriser le bien-être du tube digestif. Elles comprennent notamment des cures de jeûne. En complément, on utilisera souvent des téguments de psyllium ou d’autres agents gonflants afin de favoriser le bien-être intestinal.

Après cette phase de repos, il est possible de prendre soin du microbiote. Cette démarche consiste à soutenir de manière ciblée les bactéries intestinales par la prise de lactobacilles et de bifidobactéries, tout en stimulant les bactéries bénéfiques présentes dans l’intestin. Pour soutenir l’intestin, on peut recourir à différents aliments, notamment les probiotiques et les prébiotiques. Les fruits et légumes frais et les aliments riches en fibres aident à préserver sa santé. Pour les boissons, il convient de privilégier l’eau plate et les tisanes. Une alimentation équilibrée et un mode de vie sain restent les mesures les plus importantes pour favoriser le bon fonctionnement de l’intestin. Pour renforcer son microbiote sous la supervision d’un professionnel, il est aussi possible de suivre différents programmes, comme des cures de jeûne ou des cures nutritionnelles.

Probiotiques et prébiotiques
Les probiotiques sont des micro-organismes bénéfiques pour la santé, par exemple des levures ou des bactéries lactiques comme les lactobacilles. Ils sont naturellement présents dans des aliments tels que le yaourt ou la choucroute. On trouve également des probiotiques sous forme de compléments alimentaires ou de dispositifs médicaux. Ces produits peuvent être particulièrement adaptés pendant un traitement antibiotique. Les probiotiques peuvent aussi favoriser l’implantation des bifidobactéries bénéfiques dans l’intestin. Il convient toutefois d’évaluer au cas par cas l’intérêt de leur utilisation.

Les prébiotiques sont des composants alimentaires, comme les fibres solubles, que l’organisme ne peut pas digérer mais qui stimulent l’activité intestinale. Ils favorisent notamment la croissance des bactéries bénéfiques dans le côlon et contribuent ainsi à rétablir l’équilibre de la flore intestinale. Pour augmenter ses apports en prébiotiques, il est possible de consommer de l’inuline, présente notamment dans le poireau, l’artichaut, la chicorée, le topinambour ou le panais. La dextrine de maïs constitue également une bonne source de prébiotiques.

Des études indiquent qu’un apport ciblé de probiotiques, en particulier chez les prématurés, peut accélérer la maturation de la flore intestinale et stabiliser son équilibre. Cela montre l’importance des premières étapes de la vie pour le bon développement du microbiote.

Quelques gestes simples pour une flore intestinale saine

• 1. L’alimentation constitue l’un des principaux moyens de préserver la santé de la flore intestinale. Une alimentation équilibrée, fondée sur des produits naturels, exerce un effet positif sur celle-ci. Une alimentation riche en fibres est particulièrement recommandée.
• 2. Les aliments fermentés comme le kéfir et le kombucha auraient un effet particulièrement bénéfique sur la flore intestinale. Ils contribueraient à la rééquilibrer et à la maintenir en bonne santé.
• 3. Certaines herbes et épices ont également un effet positif sur la flore intestinale, notamment le poivre, le gingembre et le carvi. Les infusions d’anis, de carvi ou de fenouil sont aussi recommandées.
• 4. Limiter les aliments riches en graisses, les viandes transformées comme la charcuterie, la viande rouge ainsi que la consommation excessive de sucre, de café et d’alcool est très bénéfique pour la flore intestinale.
• 5. Enfin, une activité physique régulière et la réduction du stress stimulent l’activité de l’estomac et des intestins. Elles contribuent ainsi au maintien d’une flore intestinale saine.

Dans les cas graves de dysbiose, un traitement médical peut s’avérer indispensable. C’est tout particulièrement le cas lorsque des maladies chroniques semblent liées à une altération de la flore intestinale et qu’une modification de l’alimentation et du mode de vie ne suffit pas à y remédier. Le gastro-entérologue est alors le spécialiste à consulter. Il dispose de différentes méthodes d’examen et de traitement. Dans certains cas, malgré leurs effets néfastes, les antibiotiques restent nécessaires pour créer des conditions favorables au développement de bactéries bénéfiques.

L’analyse de la flore intestinale

Il est possible d’étudier en détail la composition bactérienne de la flore intestinale afin de repérer une éventuelle perturbation de son équilibre. À cette fin, on prélèvera un échantillon de selles que le laboratoire analysera.

L’analyse de la flore intestinale comporte d’une part une recherche qualitative d’agents pathogènes dans les selles, comme les salmonelles. D’autre part, une analyse quantitative détermine le nombre des différentes bactéries intestinales et leur répartition. Elle mesure également le pH.

Une analyse de la flore intestinale peut fournir des indications importantes qui aideront à choisir un traitement ciblé. Toutefois, elle ne fait actuellement pas partie des examens diagnostiques de routine.

La transplantation de microbiote fécal en cas de déséquilibre intestinal

La transplantation de microbiote fécal (TMF) occupe une place particulière parmi les traitements destinés à restaurer une flore intestinale saine, notamment en cas d’infection à Clostridioides difficile (ICD) ou de maladie inflammatoire chronique de l’intestin (MICI). Elle consiste à transférer les selles d’un donneur dont la flore intestinale est saine à une personne dont la flore est déséquilibrée.

Ce transfert peut s’effectuer de différentes façons : par coloscopie, à l’aide d’une sonde digestive ou au moyen d’un lavement réalisé en milieu clinique. L’objectif de la transplantation est de stabiliser la flore intestinale perturbée grâce à l’apport d’un microbiote sain et de rétablir l’équilibre microbien dans l’intestin.

La transplantation de microbiote fécal comporte des contraintes particulières et des risques. Elle se pratique uniquement dans des centres spécialisés et pour certaines indications. Pour les autres usages, cette transplantation de microbiote fécal continue d’être étudiée dans le cadre d’essais cliniques.

Publié le : 29.03.2022

Dernière mise à jour: 19.08.2026
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